Magistrski študij v okviru Bolonjsko prenovljenih študijskih programov je podiplomski študij, ki poteka na drugi stopnji. Magistrske študije razpisujejo samostojno v okviru posamezne Univerze. Razpisanih programov je običajno več, namen magistrskega študija oziroma nadaljevanja izobraževanja na drugi stopnji, pa je pridobitev novih kompetenc ter nadgradnja in poglobitev že pridobljenih na prvi stopnji. Študij na drugi stopnji poteka v smeri obogatitve, razširitve in poglobitve samih vsebin izbrane študijske smeri. Na drugi stopnji podiplomskega študija postaja le ta tudi vse bolj interdisciplinaren, povezovalen, internacionaliziran. Tak študij pomeni mobilnost, mnoga mednarodna sodelovanja, medfakultetne izmenjave ipd.
Univerza v Ljubljani ima akreditiranih skupno 225 magistrskih študijskih programov na drugi stopnji študija. Od teh 225 je kar 15 takšnih, ki jih članice Univerze v Ljubljani izvajajo v sodelovanju s tujimi univerzami. Razpis za vpis v magistrski podiplomski študij na drugi stopnji se iz leta v leto spreminja. To pomeni, da vsako leto niso razpisani vsi magistrski študijski programi, ki so akreditirani. Študentje, ki želijo študij nadaljevati na drugi stopnji, tako vsako leto izbirajo med ponujenimi razpisanimi programi magistrskega študija. Kateri programi bodo za naslednje študijsko leto razpisani je objavljeno z razpisom za vpis, ki je navadno objavljen najkasneje do 1. junija. Vpis v podiplomske študijske programe na drugi stopnji je mogoč najkasneje do 30. septembra in se ga sme zamuditi zgolj iz upravičenih razlogov.
Namen magistrskega študija je poglabljanje in specializacija znanja, hkrati pa obvladovanje širše strokovnih vprašanj, kar omogoča predvsem interdisciplinarnost samih študijskih programov. Študente se na tej stopnji študija usposobi za samostojno iskanje virov na znanstvenem in strokovno-raziskovalnem področju in za uporabo znanstvenih metod v najrazličnejših okoliščinah. V sklopu večine magistrskih študijskih programov, ki se izvajajo, so obvezen sestavni del študija na drugi stopnji tudi projektno delo in naloge, ki temeljijo na aplikativnosti in raziskovalnemu delu.
Magistrski študij za enkrat ostaja brezplačen in zanj študentje ne plačujejo šolnin. Podiplomski magistrski študij se ne financira iz javnih sredstev zgolj v primeru, če je kandidat že pridobil stopnjo izobrazbe, ki ustreza najmanj drugi bolonjski stopnji (stari univerzitetni ali visokošolski strokovni študijski program).
